广西壮族自治区海洋研究所创建于1978年，现有在职员工51人，其中专业技术人员41人（博士2人、硕士11人），具有高级专业技术职称13人、中级职称20人，广西壮族自治区新世纪十百千人才2人。是自治区和北海市海洋生物产业人才小高地建设载体单位，设有海水养殖院士工作站，指导院士为中国工程院赵法箴院士和麦康森院士。
管理机构有行政办公室、人事教育科、科研业务科、条件财务科和基地管理中心；研发机构有海洋生物技术实验室、海水养殖新品种繁育工程技术研究中心、海水养殖技术中心和海产品研发中心；生产与服务机构有海水增养殖试验基地、青蟹良种场、成果转化中心和海洋生物标本馆。
海洋生物技术实验室是自治区重点实验室，海水养殖新品种繁育工程技术研究中心是自治区工程技术中心。主要研究领域为海水养殖苗种繁育与选育、海水健康养殖、营养和饲料、海洋生物活性物质、海产品精深加工等。
建所以来共承担了国家和地方科研项目300多项，获各级科技进步奖77项，其中省部级以上科技进步奖23项，出版专著9部，发表论文500多篇，申请发明专利49件，获得授权专利18件。
近10多年来，自主研发的新品种有方格星虫、青蟹、獭蛤、文蛤、巴非蛤、方斑东风螺、中华乌塘鳢、石斑鱼、中国鲎等，其中大獭蛤、青蟹、方格星虫、中国鲎和中华乌塘鳢等品种的人工育苗生产处于国内领先水平。
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